A Fundação Centro Cultural de Belém tem, estatutariamente, os seguintes órgãos:
1. O Presidente
2. O Conselho de Administração
3. O Conselho Directivo
4. O Conselho Fiscal

O Presidente, órgão unipessoal, é por inerência o Presidente do Conselho Directivo e do Conselho de Administração e exerce o seu mandato por um período de 3 anos, renovável. O Presidente da Fundação é designado por despacho do Ministro da Cultura.

O Conselho de Administração é constituído por três membros sendo os vogais designados por despacho do Ministro da Cultura. O mandato dos membros do Conselho de Administração é de três anos.

O Conselho Directivo é composto por sete membros, dos quais cinco vogais designados pelo Ministro da Cultura e um pelo Ministro das Finanças, por um período de três anos. O Conselho Directivo elegerá, entre os seus membros, um Vice-Presidente.

O Conselho Fiscal tem a composição e as funções próprias deste órgão nos termos dos estatutos da Fundação.

Composição
Presidente – António Mega Ferreira
Membros do Conselho de Administração
Vogal do Conselho de Administração – Ana Isabel Trigo Morais
Vogal do Conselho de Administração – Maria Margarida Veiga

Membros do Conselho Directivo
Dra. Clara Ferreira Alves
Dra. Lídia Jorge
Dr. Vasco Vieira de Almeida
Professor Doutor João Caraça
Dr. António Rebelo de Sousa
Dr. Álvaro José Laborinho Lúcio

Membros do Conselho Fiscal
Pedro Matos Silva (ROC) – Presidente
José Raposo de Magalhães
João Ferreira do Amaral